Le système immunitaire produit des anticorps qui se fixent aux parois des articulations. Les cellules du système immunitaire attaquent alors les articulations, provoquant une inflammation, un gonflement et une douleur. Si elle n'est pas traitée, la polyarthrite rhumatoïde provoque progressivement des lésions articulaires permanentes.

Les personnes atteintes de lupus développent des anticorps auto-immuns qui peuvent se fixer aux tissus de tout le corps. Les articulations, les poumons, les cellules sanguines, les nerfs et les reins sont couramment touchés par le lupus.

• Le système immunitaire attaque la muqueuse des intestins, provoquant des épisodes de diarrhée, des saignements rectaux, des selles urgentes, des douleurs abdominales, de la fièvre et une perte de poids. La colite ulcéreuse et la maladie de Crohn sont les deux principales formes de MICI.
• Sclérose en plaques (SEP). Le système immunitaire attaque les cellules nerveuses, provoquant des symptômes pouvant inclure douleur, cécité, faiblesse, mauvaise coordination et spasmes musculaires.

Les anticorps du système immunitaire attaquent et détruisent les cellules productrices d'insuline dans le pancréas. Au début de l'âge adulte, les personnes atteintes de diabète de type 1 ont besoin d'injections d'insuline pour survivre.

Le système immunitaire attaque les nerfs contrôlant les muscles des jambes et parfois des bras et du haut du corps. Résultats de faiblesse, qui peuvent parfois être sévères. Le filtrage du sang avec une procédure appelée plasmaphérèse est le principal traitement du syndrome de Guillain-Barré.

Semblable à Guillian-Barre, le système immunitaire attaque également les nerfs dans le CIDP, mais les symptômes durent beaucoup plus longtemps. Environ 30 % des patients peuvent être confinés à un fauteuil roulant s'ils ne sont pas diagnostiqués et traités tôt.

Dans le psoriasis, les cellules sanguines du système immunitaire hyperactif appelées cellules T s'accumulent dans la peau. L'activité du système immunitaire stimule la reproduction rapide des cellules de la peau, produisant des plaques argentées et squameuses sur la peau.

Le système immunitaire produit des anticorps qui stimulent la glande thyroïde pour libérer des quantités excessives d'hormones thyroïdiennes dans le sang (hyperthyroïdie). Les symptômes de la maladie de Graves peuvent inclure des yeux gonflés ainsi qu'une perte de poids, de la nervosité, de l'irritabilité, une fréquence cardiaque rapide, une faiblesse et des cheveux cassants. La destruction ou l'ablation de la glande thyroïde, à l'aide de médicaments ou d'une intervention chirurgicale, est généralement nécessaire pour traiter la maladie de Basedow.

Les anticorps produits par le système immunitaire attaquent la glande thyroïde, détruisant lentement les cellules qui produisent l'hormone thyroïdienne. De faibles niveaux d'hormones thyroïdiennes se développent (hypothyroïdie), généralement sur des mois ou des années. Les symptômes comprennent la fatigue, la constipation, la prise de poids, la dépression, la peau sèche et la sensibilité au froid.

Les anticorps se lient aux nerfs et les rendent incapables de stimuler correctement les muscles. La faiblesse qui s'aggrave avec l'activité est le principal symptôme de la myasthénie grave. 

Le système immunitaire attaque et endommage les vaisseaux sanguins dans ce groupe de maladies auto-immunes. La vascularite peut affecter n'importe quel organe, de sorte que les symptômes varient considérablement et peuvent survenir presque n'importe où dans le corps.