Het immuunsysteem produceert antilichamen die zich hechten aan de voeringen van gewrichten. Immuunsysteemcellen vallen vervolgens de gewrichten aan en veroorzaken ontstekingen, zwellingen en pijn. Indien onbehandeld, veroorzaakt reumatoïde artritis geleidelijk permanente gewrichtsschade.

Mensen met lupus ontwikkelen auto-immuunantilichamen die zich door het hele lichaam aan weefsels kunnen hechten. De gewrichten, longen, bloedcellen, zenuwen en nieren worden vaak aangetast bij lupus.

• Het immuunsysteem valt het slijmvlies van de darmen aan en veroorzaakt episoden van diarree, rectale bloedingen, dringende stoelgang, buikpijn, koorts en gewichtsverlies. Colitis ulcerosa en de ziekte van Crohn zijn de twee belangrijkste vormen van IBD.
• Multiple sclerose (MS). Het immuunsysteem valt zenuwcellen aan en veroorzaakt symptomen zoals pijn, blindheid, zwakte, slechte coördinatie en spierspasmen.

Antistoffen van het immuunsysteem vallen de insulineproducerende cellen in de pancreas aan en vernietigen ze. Op jonge leeftijd hebben mensen met diabetes type 1 insuline-injecties nodig om te overleven.

Het immuunsysteem valt de zenuwen aan die de spieren in de benen en soms de armen en het bovenlichaam aansturen. Zwakte resultaten, die soms ernstig kunnen zijn. Het filteren van het bloed met een procedure die plasmaferese wordt genoemd, is de belangrijkste behandeling voor het Guillain-Barre-syndroom.

Net als bij Guillian-Barre valt het immuunsysteem ook de zenuwen aan bij CIDP, maar de symptomen duren veel langer. Ongeveer 30% van de patiënten kan in een rolstoel belanden als ze niet vroeg worden gediagnosticeerd en behandeld.

Bij psoriasis verzamelen zich overactieve bloedcellen van het immuunsysteem, T-cellen genaamd, in de huid. De activiteit van het immuunsysteem stimuleert huidcellen om zich snel te vermenigvuldigen, waardoor zilverachtige, schilferige plaques op de huid ontstaan.

Het immuunsysteem produceert antilichamen die de schildklier stimuleren om overtollige hoeveelheden schildklierhormoon in het bloed af te geven (hyperthyreoïdie). Symptomen van de ziekte van Graves kunnen uitpuilende ogen zijn, evenals gewichtsverlies, nervositeit, prikkelbaarheid, snelle hartslag, zwakte en broos haar. Vernietiging of verwijdering van de schildklier, met behulp van medicijnen of een operatie, is meestal nodig om de ziekte van Graves te behandelen.

Antilichamen geproduceerd door het immuunsysteem vallen de schildklier aan en vernietigen langzaam de cellen die schildklierhormoon produceren. Er ontstaan ​​lage niveaus van schildklierhormoon (hypothyreoïdie), meestal in de loop van maanden tot jaren. Symptomen zijn onder meer vermoeidheid, constipatie, gewichtstoename, depressie, droge huid en gevoeligheid voor kou.

Antilichamen binden zich aan zenuwen en zorgen ervoor dat ze de spieren niet goed kunnen stimuleren. Zwakte die erger wordt met activiteit is het belangrijkste symptoom van myasthenia gravis. 

Het immuunsysteem valt de bloedvaten aan en beschadigt deze bij deze groep auto-immuunziekten. Vasculitis kan elk orgaan aantasten, dus de symptomen variëren sterk en kunnen bijna overal in het lichaam voorkomen.