免疫系统会产生附着在关节内层上的抗体。 然后免疫系统细胞攻击关节，引起炎症、肿胀和疼痛。 如果不治疗，类风湿性关节炎会逐渐导致永久性关节损伤。

狼疮患者会产生自身免疫抗体，这些抗体可以附着在全身组织上。 狼疮通常会影响关节、肺、血细胞、神经和肾脏。

• 免疫系统攻击肠道内壁，导致腹泻、直肠出血、紧急排便、腹痛、发烧和体重减轻。 溃疡性结肠炎和克罗恩病是 IBD 的两种主要形式。
• 多发性硬化症（MS）。 免疫系统攻击神经细胞，导致症状包括疼痛、失明、虚弱、协调性差和肌肉痉挛。

免疫系统抗体攻击并破坏胰腺中产生胰岛素的细胞。 到成年后，1 型糖尿病患者需要注射胰岛素才能生存。

免疫系统会攻击控制腿部肌肉的神经，有时还会攻击手臂和上半身。 虚弱的结果，有时可能很严重。 使用称为血浆置换术的程序过滤血液是格林-巴利综合征的主要治疗方法。

与 Guillian-Barre 类似，免疫系统也会攻击 CIDP 中的神经，但症状持续时间要长得多。 如果不及早诊断和治疗，大约 30% 的患者会被限制在轮椅上。

在牛皮癣中，过度活跃的免疫系统血细胞（称为 T 细胞）会聚集在皮肤中。 免疫系统活动刺激皮肤细胞快速繁殖，在皮肤上产生银色鳞状斑块。

免疫系统会产生抗体，刺激甲状腺将过量的甲状腺激素释放到血液中（甲状腺功能亢进）。 格雷夫斯病的症状可能包括凸出的眼睛以及体重减轻、紧张、易怒、心率加快、虚弱和头发脆弱。 通常需要使用药物或手术破坏或切除甲状腺来治疗格雷夫斯病。

免疫系统产生的抗体会攻击甲状腺，慢慢破坏产生甲状腺激素的细胞。 甲状腺激素水平低下（甲状腺功能减退），通常持续数月至数年。 症状包括疲劳、便秘、体重增加、抑郁、皮肤干燥和对寒冷敏感。

抗体与神经结合，使它们无法正确刺激肌肉。 随着活动而加重的虚弱是重症肌无力的主要症状。 

在这组自身免疫性疾病中，免疫系统会攻击并破坏血管。 血管炎可以影响任何器官，因此症状差异很大，几乎可以发生在身体的任何部位。