ระบบภูมิคุ้มกันผลิตแอนติบอดีที่ยึดติดกับเยื่อบุของข้อต่อ เซลล์ของระบบภูมิคุ้มกันจะโจมตีข้อต่อทำให้เกิดการอักเสบ บวม และปวด หากไม่ได้รับการรักษา โรคข้ออักเสบรูมาตอยด์จะค่อยๆ ทำให้ข้อต่อเสียหายอย่างถาวร

ผู้ที่เป็นโรคลูปัสจะพัฒนาแอนติบอดีต่อภูมิต้านทานผิดปกติที่สามารถยึดติดกับเนื้อเยื่อทั่วร่างกายได้ ข้อต่อ ปอด เซลล์เม็ดเลือด เส้นประสาท และไตมักได้รับผลกระทบในโรคลูปัส

• ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีเยื่อบุลำไส้ ทำให้เกิดอาการท้องร่วง เลือดออกทางทวารหนัก ลำไส้เคลื่อนไหวอย่างเร่งด่วน ปวดท้อง มีไข้ และน้ำหนักลด โรคลำไส้ใหญ่บวมเป็นแผลเป็นและโรค Crohn เป็นสองรูปแบบที่สำคัญของ IBD
• หลายเส้นโลหิตตีบ (MS) ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีเซลล์ประสาท ทำให้เกิดอาการที่อาจรวมถึงความเจ็บปวด ตาบอด อ่อนแอ การประสานงานที่ไม่ดี และกล้ามเนื้อกระตุก

แอนติบอดีของระบบภูมิคุ้มกันโจมตีและทำลายเซลล์ที่ผลิตอินซูลินในตับอ่อน ในวัยหนุ่มสาว ผู้ที่เป็นเบาหวานชนิดที่ 1 ต้องฉีดอินซูลินเพื่อความอยู่รอด

ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีเส้นประสาทที่ควบคุมกล้ามเนื้อที่ขาและบางครั้งแขนและร่างกายส่วนบน ผลความอ่อนแอซึ่งบางครั้งอาจรุนแรง การกรองเลือดด้วยกระบวนการที่เรียกว่า plasmapheresis เป็นการรักษาหลักสำหรับกลุ่มอาการ Guillain-Barre

คล้ายกับ Guillian-Barre ระบบภูมิคุ้มกันยังโจมตีเส้นประสาทใน CIDP แต่อาการจะยาวนานกว่ามาก ผู้ป่วยประมาณ 30% อาจต้องนั่งรถเข็นหากไม่ได้รับการวินิจฉัยและรักษาตั้งแต่เนิ่นๆ

ในโรคสะเก็ดเงิน เซลล์เม็ดเลือดของระบบภูมิคุ้มกันที่โอ้อวดเรียกว่า T-cells จะสะสมอยู่ในผิวหนัง กิจกรรมของระบบภูมิคุ้มกันช่วยกระตุ้นเซลล์ผิวหนังให้สืบพันธุ์อย่างรวดเร็ว ทำให้เกิดคราบสีเงินและเป็นสะเก็ดบนผิวหนัง

ระบบภูมิคุ้มกันผลิตแอนติบอดีที่กระตุ้นต่อมไทรอยด์ให้ปล่อยฮอร์โมนไทรอยด์ในปริมาณที่มากเกินไปเข้าสู่กระแสเลือด (ภาวะต่อมไทรอยด์ทำงานเกิน) อาการของโรคเกรฟส์อาจรวมถึงตาโปนเช่นเดียวกับการลดน้ำหนัก ความกังวลใจ ความหงุดหงิด อัตราการเต้นของหัวใจอย่างรวดเร็ว ความอ่อนแอ และผมเปราะ การทำลายหรือการกำจัดต่อมไทรอยด์โดยใช้ยาหรือการผ่าตัดมักจะต้องรักษาโรคเกรฟส์

แอนติบอดีที่ผลิตโดยระบบภูมิคุ้มกันโจมตีต่อมไทรอยด์ ทำลายเซลล์ที่ผลิตไทรอยด์ฮอร์โมนอย่างช้าๆ ระดับไทรอยด์ฮอร์โมนต่ำจะพัฒนา (ภาวะพร่อง) โดยปกติจะใช้เวลาหลายเดือนถึงหลายปี อาการต่างๆ ได้แก่ เหนื่อยล้า ท้องผูก น้ำหนักขึ้น ซึมเศร้า ผิวแห้ง และไวต่อความเย็น

แอนติบอดีจับกับเส้นประสาทและทำให้ไม่สามารถกระตุ้นกล้ามเนื้อได้อย่างถูกต้อง ความอ่อนแอที่แย่ลงเมื่อทำกิจกรรมเป็นอาการหลักของ myasthenia gravis 

ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีและทำลายหลอดเลือดในกลุ่มโรคภูมิต้านตนเองนี้ โรคหลอดเลือดอักเสบสามารถส่งผลกระทบต่ออวัยวะต่างๆ ดังนั้นอาการจึงแตกต่างกันอย่างมากและสามารถเกิดขึ้นได้เกือบทุกที่ในร่างกาย