Hệ thống miễn dịch tạo ra các kháng thể gắn vào các lớp lót của khớp. Sau đó, các tế bào của hệ thống miễn dịch sẽ tấn công các khớp, gây viêm, sưng và đau. Nếu không được điều trị, bệnh viêm khớp dạng thấp lâu dần sẽ gây ra những tổn thương vĩnh viễn cho khớp.

Những người mắc bệnh lupus phát triển các kháng thể tự miễn dịch có thể gắn vào các mô khắp cơ thể. Các khớp, phổi, tế bào máu, dây thần kinh và thận thường bị ảnh hưởng trong bệnh lupus.

• Hệ thống miễn dịch tấn công lớp niêm mạc của ruột, gây ra các đợt tiêu chảy, chảy máu trực tràng, đi tiêu khẩn cấp, đau bụng, sốt và giảm cân. Viêm loét đại tràng và bệnh Crohn là hai dạng IBD chính.
• Bệnh đa xơ cứng (MS). Hệ thống miễn dịch tấn công các tế bào thần kinh, gây ra các triệu chứng có thể bao gồm đau, mù, suy nhược, phối hợp kém và co thắt cơ.

Các kháng thể của hệ thống miễn dịch tấn công và phá hủy các tế bào sản xuất insulin trong tuyến tụy. Khi đến tuổi trưởng thành, những người mắc bệnh tiểu đường loại 1 cần phải tiêm insulin để sống sót.

Hệ thống miễn dịch tấn công các dây thần kinh kiểm soát cơ bắp ở chân và đôi khi là cánh tay và phần trên cơ thể. Kết quả yếu, đôi khi có thể nghiêm trọng. Lọc máu bằng một quy trình gọi là phương pháp điều trị bằng phương pháp điều trị chính cho hội chứng Guillain-Barre.

Tương tự như Guillian-Barre, hệ thống miễn dịch cũng tấn công các dây thần kinh trong CIDP, nhưng các triệu chứng kéo dài hơn nhiều. Khoảng 30% bệnh nhân có thể bị hạn chế khi ngồi trên xe lăn nếu không được chẩn đoán và điều trị sớm.

Trong bệnh vẩy nến, các tế bào máu của hệ thống miễn dịch hoạt động quá mức được gọi là tế bào T tập hợp trong da. Hoạt động của hệ thống miễn dịch kích thích tế bào da sinh sản nhanh chóng, tạo ra các mảng vảy bạc trên da.

Hệ thống miễn dịch tạo ra các kháng thể kích thích tuyến giáp giải phóng lượng hormone tuyến giáp dư thừa vào máu (cường giáp). Các triệu chứng của bệnh Graves có thể bao gồm mắt lồi cũng như sụt cân, căng thẳng, khó chịu, nhịp tim nhanh, yếu và tóc giòn. Phá hủy hoặc cắt bỏ tuyến giáp, sử dụng thuốc hoặc phẫu thuật, thường được yêu cầu để điều trị bệnh Graves.

Các kháng thể được tạo ra bởi hệ thống miễn dịch tấn công tuyến giáp, từ từ phá hủy các tế bào sản xuất hormone tuyến giáp. Mức độ thấp của hormone tuyến giáp phát triển (suy giáp), thường trong vài tháng đến nhiều năm. Các triệu chứng bao gồm mệt mỏi, táo bón, tăng cân, trầm cảm, da khô và nhạy cảm với lạnh.

Các kháng thể liên kết với các dây thần kinh và khiến chúng không thể kích thích các cơ một cách chính xác. Suy nhược trở nên tồi tệ hơn khi hoạt động là triệu chứng chính của bệnh nhược cơ. 

Hệ thống miễn dịch tấn công và làm tổn thương các mạch máu trong nhóm bệnh tự miễn dịch này. Viêm mạch máu có thể ảnh hưởng đến bất kỳ cơ quan nào, vì vậy các triệu chứng rất khác nhau và có thể xảy ra ở hầu hết mọi nơi trên cơ thể.